Xã Long Thuận hiện nay có nguồn gốc từ các thôn Long Thạnh, Hội Ngãi và Mỹ Thuận. Các thôn này xuất hiện từ năm 1698, khi Lễ thành hầu Nguyễn Hữu Cảnh vâng lệnh chúa Nguyễn Phúc Chu vào kinh lược vùng đất phương Nam, lập phủ Gia Định gồm hai huyện Tân Bình và Phước Long, các thôn trên thuộc huyện Tân Bình.

Năm 1837, huyện Thuận An được đổi tên thành huyện Cửu An. Lúc bấy giờ các thôn Long Thạnh, Hội Ngãi và Mỹ Thuận thuộc tổng Thuận Đạo Trung, huyện Cửu An, phủ Tân An. Ngày 01/01/1900, khu tham biện Tân An được đổi thành tỉnh Tân An. Năm 1910, tỉnh Tân An gồm 10 tổng, 119 thôn, làng, trong đó có các thôn Long Thạnh, Hội Ngãi và Mỹ Thuận, thuộc tổng An Ninh Thượng, huyện Cửu An, tỉnh Tân An. Năm 1922, huyện Cửu An đổi thành quận Thủ Thừa.

Ngày 04/02/1923, Thống đốc Nam Kỳ ký Nghị định về việc sáp nhập một số thôn, làng thuộc tỉnh Tân An. Trên cơ sở đó, các thôn Long Thạnh, Hội Ngãi và Mỹ Thuận được sáp nhập, gọi là làng Long Ngãi Thuận, quận Thủ Thừa, tỉnh Tân An.

Giai đoạn 1945-1954, về phía địch tên gọi và địa giới hành chính xã Long Ngãi Thuận không có gì thay đổi. Về phía cách mạng, năm 1952, tên gọi và địa giới hành chính xã Long Ngãi Thuận và các xã lân cận có một số thay đổi. Chính quyền cách mạng lấy một phần xã Thuận Nghĩa Hòa, một phần xã Long Ngãi Thuận, một phần xã Thủy Đông để lập xã Trà Cú. Đồng thời, lấy phần đất còn lại của xã Long Ngãi Thuận sáp nhập với xã Tân Đông, lập xã Tân Thuận. Địa giới và tên gọi của 02 xã Trà Cú và Tân Thuận tồn tại đến cuối năm 1954 thì được tách ra như trước, xã Long Ngãi Thuận trở về vị trí như ban đầu.

Ngày 22/10/1956, chính quyền Sài Gòn lập tỉnh Long An (Sắc lệnh số 143/NV/TT), xã Long Ngãi Thuận thuộc quận Thủ Thừa, tỉnh Long An. Tên gọi và địa giới này tồn tại đến ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng 30/4/1975.

Sau khi nước nhà thống nhất, Bộ Chính trị ra Nghị quyết số 19/NQ ngày 20/12/1975 “về việc điều chỉnh hợp nhất một số tỉnh ở miền Nam”. Tháng 02/1976, tỉnh Long An, tỉnh Kiến Tường và một phần tỉnh Hậu Nghĩa được sáp nhập, lấy tên là tỉnh Long An.